Последнее время если что-то куда-то (а конкретно в премьер CS6) не вставляется, пользуюсь двумя прогами -Format Factory и стандартный из аддобовского пакета программ Adobe Media Encoder. Некоторые файлы с чужих фотоаппаратов адобовский энкодер не берет, так приходится первой программой в AVI, например, кодировать (результат иногда тоже на прямую не лезет в редактор). Тогда мочить его энкодером и - в редактор. Пока все прокатывало.
Как-то так...